Zur Stadt Korčula fährt man von Dubrovnik oder Drvenik aus mit der Fähre. Von Dubrovnik aus benötigt die Fähre für eine Strecke ca. 3,5 Stunden und auch wenn sie in der Hauptsaison bis zu sechs mal am Tag pendelt sollte man sein Ticket frühzeitig buchen. Das Trajekt aus Drvenik fährt nur in der Sommersaison von April bis September um jeweils 05:15 und 14:00 ab und kostet 3 Euro pro Person und 14 Euro pro Auto. Von der Nachbarinsel Pelješac fahren außerdem täglich 5 - 14 Fähren (je nach Saison) von Orebic aus zum Fährhafen Korčulas. Die Überfahrt kostet 1,30 Euro pro Person und 9,60 Euro pro Auto. Der Fährhafen befindet sich 5 km östlich des Stadtzentrums und ist mit regelmäßigen Bussen mit der Innenstadt verbunden. Von hieraus gelangt man dank des gut ausgebauten Busnetzes auch schnell in jeden anderen Ort der Insel.
Am anderen Ende der Insel, in Vela Luka, befindet sich ein weiterer Fährhafen. Dieser wird aus Split, Hvar und Lastovo angelaufen. Die Verbindung aus Split und Hvar macht pro Tag nur eine Überfahrt und man muss dafür fast 5 Euro pro Person und über 40 für jedes Auto einrechnen. Ebenso selten fährt das Trajekt aus Ubli auf Lastovo den Hafen Vela Luka an. Hier kostet die Überfahrt allerdings nur 2,60 Euro pro Person und 15,20 für jedes Auto. Einmal wöchentlich gibt es außerdem eine Fähre, die nacheinander Vela Luka, Stari Grad, Vis und Ancona ansteuert.